A II Guerra Mundial obrigou a alterar os objetivos da indústria alemã. A Auto Union dispunha de um grande stock de material e continuou a trabalhar e os DKW (que não foram requisitados pelo exército devido à sua estrutura em madeira) estavam no mercado. Nos primeiros anos do conflito a Auto Union produziu 33 646 veículos e em 1942 ainda foram fabricados 1500 DKW, com os restos dos stocks existentes. Em tempo de esforço de guerra, a situação da Auto Union era complicada. A Horch e a Wanderer eram as marcas que mais contribuíam e a Audi tinha uma participação mínima. O exército mobilizou 6700 trabalhadores da Auton Union.
O ano de 1944 foi catastrófico: os bombardeamentos aliados destruíram as fábricas de Spandau e Berlim. A fábrica de Siegmar (Wanderer), que produzia motores para os blindados, foi arrasada. As instalações de Zwickau, Horch e Audi também foram severamente afetadas. Os russos ocuparam a região de Chemintz, a sede da Auto Union foi transformada num hospital e, nos tempos seguintes, todas as indústrias que trabalhavam na Saxónia e davam emprego a 36 mil pessoas foram privatizadas ou desmanteladas. Em 1948, o novo governo da Saxónia pós-guerra anunciou a expropriação da Auto Union e, dos 36 mil trabalhadores, os mais qualificados foram requisitados para trabalhar na Rússia.
As grandes fábricas da Auto Union ficaram no Leste, na zona de influência soviética. No pós-guerra, a Auto Union era a única empresa ocidental sem fábricas, mas foi criado em Ingolstadt um centro de peças da marca. Aí nasceu um centro de produção e a NSU foi uma bandeira de um Grupo que se dividiu entre a NSU e a Audi, que acabou por ser o baluarte de resistência até 1972, quando foi estabelecido um protocolo com o Grupo VW que projetou a marca Audi.